Tepotzotlán se localiza en la parte norte del Estado de México, y al noreste de la ciudad de Toluca, a una altura de 2 250 m sobre el nivel del mar. Limita al norte con los municipios de Huehuetoca y Coyotepec; al sur con Cuautitlán Izcalli y Nicolás Romero; al oriente con Coyotepec, Teoloyucan y Cuautitlán Izcalli, y al oeste con Villa del Carbón. Se ubica a 115 km de distancia de Toluca, capital del estado, y a 45 km del Distrito Federal. Ocupa una superficie de 208.83 kilómetros cuadrados.

Presenta distintos registros de altura, que van desde 2 250 hasta 2 900 m sobre el nivel del mar, que alcanza la montaña más alta; el sistema orográfico es variable, cuenta con un vasto valle dedicado principalmente a la agricultura.